Saat terjadi bencana Gempa Bantul pada bulan Mei 2006, MPBA turut berperan serta dalam tanggap darurat. Beberapa kegiatan yang dilakukan saat itu antara lain:

• Rapid Assesment kerusakan bangunan, utamanya infrastuktur publik dan instansi pemerintah
• POSYANIS : pendampingan masyarakat untuk rehabilitasi rumah/bangunan, desain shelter dan cara konstruksi yang efektif
• Pembuatan mesin sederhana untuk daur ulang pemanfaatan bahan bangunan pasca gempa
• Pendampingan recovery korban bencana gempa