Saat terjadi bencana Gempa Bantul pada bulan Mei 2006, MPBA turut berperan serta dalam tanggap darurat. Beberapa kegiatan yang dilakukan saat itu antara lain:
- Rapid Assesment kerusakan bangunan, utamanya infrastuktur publik dan instansi pemerintah
- POSYANIS : pendampingan masyarakat untuk rehabilitasi rumah/bangunan, desain shelter dan cara konstruksi yang efektif
- Pembuatan mesin sederhana untuk daur ulang pemanfaatan bahan bangunan pasca gempa
- Pendampingan recovery korban bencana gempa